হিন্দুকুশ পর্বতমালা আফগানিস্তান এবং পাকিস্তানে অবস্থিত একটি পর্বতমালা। এটির পামির পর্বতমালা এবং কারাকোরাম পর্বতমালার একটি অংশ এবং হিমালয় পর্বতমালার একটি উপ-পর্বতমালা।
মধ্য এশিয়ার এই পর্বতমালাটি মোটামুটি দক্ষিণ-পশ্চিম দিকে প্রায় ১০০০ কিলোমিটার ধরে, আফগানিস্তানের সীমান্তে পামির পর্বতমালা থেকে শুরু হয়ে পাকিস্তানের উত্তর-পশ্চিম সীমান্ত প্রদেশ এবং তাজিকিস্তান পর্যন্ত বিস্তৃত। পর্বতমালাটির বেশির ভাগ উত্তর-পূর্ব আফগানিস্তানে অবস্থিত। সর্বোচ্চ শৃঙ্গ তিরিচমির (৭,৩৯০ মিটার) পাকিস্তানে পড়েছে। গিরিসঙ্কট খাইবার পাস পাকিস্তান ও আফিগানিস্তানকে সংযুক্ত করেছে। এই পথ দিয়েই ভারতীয় উপমহাদেশে বহিরাগত সেনারা সবচেয়ে বেশি আক্রমণ করেছে। হিন্দুকুশ থেকে পারোপামিসুস পর্বতমালা ও সাফেদ কোহ পর্বতমালা আফগানিস্তানের ভেতর দিয়ে প্রসারিত প্রায় ইরান সীমান্ত পর্যন্ত চলে গেছে। গ্রানাইট ও কেলাসিত শিলাময় এই পর্বতমালাগুলি সম্ভবত টার্শিয়ারি যুগে ভূমি থেকে উত্থিত হয়েছিল। এগুলির কিছু কিছু অংশে ক্রিটেশাস যুগের চুনাপাথর এবং সেনোজোয়ীয় যুগের কর্দমশিলার দেখা পাওয়া যায়।
পামিরের পশ্চিমে প্রথম ১৬০ কিমি হিন্দুকুশ পর্বতমালাটি দক্ষিণ দিকে অগ্রসর হয়েছে। এখানে পর্বতমালাটির শীর্ষ বেশ চওড়া, অনেকটা মালভূমির মত এবং এখানে অনেক হিমবাহজাত হ্রদ এবং সমুদ্র সমতল থেকে ৩,৮০০ থেকে ৫,৩০০ মিটার উচ্চতায় অনেক গিরিপথ দেখতে পাওয়া যায়। এরপর পর্বতমালাটি দক্ষিণ-পশ্চিমে মোড় নিয়েছে এবং এর উচ্চতা বৃদ্ধি পেয়েছে। এখানে মালভূমির পরিবর্তে খাড়া পর্বতশৃঙ্গের আবির্ভাব ঘটেছে। তিরিচমির ছাড়াও এখানকার আরও অনেকগুলি শৃঙ্গ ৬,১০০ মিটারেরও বেশি উচ্চতাবিশিষ্ট। এখানে রয়েছে বারোগিল, দোরাহ, এবং খাভাক গিরিপথ।
হিন্দুকুশ পর্বতমালা অনেক নদীর উৎসস্থল। এদের মধ্যে উত্তর ঢাল থেকে উৎপন্ন আমু দরিয়া নদী, এবং দক্ষিণ ঢাল থেকে উৎপন্ন হেলমান্দ নদী, কাবুল নদী, কোনার নদী এবং সিন্ধু নদের অনেকগুলি উপনদী উল্লেখযোগ্য।